בניגוד לטיפולים אחרים, הטיפול הקוגנטיבי-התנהגותי הינו טיפול מבוסס ראיות (EVIDENCE BASED THERAPY) , כלומר טיפול שמבוקר ומתוקף על ידי מחקרים רבים. מחקרים אלו הוכיחו את יעילותו של הטיפול הקוגנטיבי-התנהגותי בשורה של הפרעות ובעיות. הטיפול הקוגניטיבי התנהגותי רואה את מקור הקשיים בדפוסי חשיבה (C-COGNITIVE) והתנהגות (B-BEHAVIOR) מעוותים. לפיכך, מטרת הטיפול הינה לשנות בהדרגה את הדפוסים הבעייתיים לדפוסים יעילים ובריאים יותר. לדוגמא, נער הסובל מחרדה חברתית עלול להימנע מלדבר עם נערים אחרים שאינו מכיר. המחשבה המעוותת במקרה זה יכולה להיות - "אם אדבר איתם בטח ילעגו לי" וההתנהגות הלא יעילה עלולה להיות הימנעות מתקשורת והיצמדות לחבר או שניים מוכרים. בטיפול מלמדים את הנער להטיל ספק בנכונות המחשבה ולהחליפה למחשבה יעילה ומציאותית יותר כגון "יש סיכוי סביר שלא ילעגו לי וגם אם כן - זה לא כזה נורא" ואת ההתנהגות ההימנעותית להתנהגות של התמודדות – למשל להתחיל מלשאול שאלה כלשהיא נער שאינו מכיר.
ההיבט הקוגנטיביי
ההיבט הקוגניטיבי בטיפול מתמקד במחשבות, אמונות, תפיסות ופרשנויות. הטיפול נועד לזהות, לנתח ולשנות דרכי חשיבה שמכשילות את המטופל , חוסמות אותו ופוגעות באיכות חייו. כשלומדים לחשוב באופן רציונאלי יותר גם החוויה הרגשית משתנה (למשל פחות חרדה) ואז גם קל יותר לשנות את דפוסי ההתנהגות.
ההיבט ההתנהגותי
ההיבט ההתנהגותי בטיפול ממוקד בהפסקת דפוסי התנהגות, שגורמים לקשיים, בעיות, סבל ולמעשה משמרים את הבעיה במקום לפתור אותה. שינוי התנהגותי משפיע בעצמו על המחשבות כי מתוך התנסויות חדשות נבנות מסקנות ותובנות חדשות (למשל "הנה העזתי לדבר בכיתה ושום דבר לא קרה").
מהלך הטיפול
בניגוד לטיפולים אחרים, טיפול קוגניטיבי התנהגותי הינו טיפול ממוקד מטרה. לכן, בפגישה או שתיים הראשונות, נעשה מאמץ להגדיר את המטרה הטיפולית במונחים קונקרטיים וניתנים לתצפית ( למשל לא "להרגיש בטוח יותר" אלא "להיות מסוגל לפתוח בשיחה עם אנשים שאיני מכיר").
טיפול קוגניטיבי התנהגותי בדרך כלל אינו דש ונובר בעבר והינו ממוקד בעיקר בהווה ובעתיד, ובמציאת כלים ופתרונות לשנות את הדפוסים הבעייתיים כאן ועכשיו. עם זאת, בדרך כלל כן תהיה התייחסות לנסיבות שבהן נלמדו ונרכשו הדפוסים המעוותים. בטיפולים מסוימים (כגון בשיטת הPE או בEMDR) כן נעשה עיבוד של חוויות עבר משמעותיות כדרך להשיג רווחה והקלה בהווה ובעתיד.
אחרי שלבי ההכרות, ההערכה והגדרת המטרות, מתחיל הטיפול עצמו. בדרך כלל מתחיל הטיפול בשלב פסיכו חינוכי שבמסגרתו מקבל המטופל הסבר מעמיק, מקצועי וברור על הבעיה ממנה הוא סובל, מדוע נוצרה וכיצד ניתן להתגבר עליה.
בהמשך, נלמדים ומיושמים הכלים והטכניקות הטיפוליות עצמן בהתאם לבעיה ולמקרה הספציפיים. בניגוד לטיפולים אחרים, בטיפול קוגניטיבי התנהגותי, המטפל אינו מסתפק בהקשבה אלא מדרבן, דוחף, מעודד, מדריך ומכוון את המטופל לפעול להשגת מטרותיו ולקדם את תהליך השינוי. בשלב זה, נדרשת גם מוטיבציה, השקעה והתמדה מצד המטופל שמקבל משימות שבמסגרתן הוא מתבקש לתרגל וליישם בבית את הכלים והמיומנויות שהוא רוכש בטיפול. למעשה, ההתקדמות לעבר המטרות נעשית לא רק בפגישות עצמן אלא גם בין הפגישות, יום יום ושעה שעה. זו אחת הסיבות שטיפול קוגניטיבי-התנהגותי הינו קצר משמעותית מטיפולים אחרים. במידה וישנם מחסומים, קשיים או היתקעויות בהתקדמות לעבר המטרה מתבצעת עבודה בפגישות למען הבנת הקשיים והתגברות עליהם. כאשר מושגות המטרות הטיפוליות מתחיל שלב הסיכום של הטיפול שכולל הדרכה והכוונה בקשר למניעת הישנות (מה עושים על מנת שהישגי הטיפול ישמרו לאורך זמן), סיכום ופרידה.